清涧原叫青涧，始设于宋康定元年（1040）。明洪武二年（1369）大将军徐达出萧关，下平凉，尽定陕西，青涧归明，隶绥德州。洪武四年（1371）县名由青涧改为清涧。清雍正三年（1725）属绥德直隶州。

民国二年（1913）清涧归榆林道。民国十五年（1926）省直管。民国二十四年（1935），隶陕西省第二行政督察区（治所绥德）。同年11月清涧县苏区为陕北省所辖。民国二十六年（1937）12月清涧始为统一战线区。1940年3月解放后，归陕甘宁边区建制，属绥德分区。1949年5月隶陕北行署绥德分区。

1950年1月清涧为绥德分区辖县。1956年10月隶榆林专区。1958年12月并入绥德，设清涧指挥部，翌年3月，指挥部更名中心乡。1961年8月复设清涧县。1968年隶属榆林地区革命委员会。1979年隶属榆林地区行政公署。2000年7月1日至2010年隶属榆林市人民政府。